好氧堆肥的过程，一般分为三个阶段。
首先是中温阶段。中温阶段也称产热阶段，是指堆肥过程的初期，堆层基本呈15～45℃的中温，嗜温性微生物较为活跃而且利用堆肥中可溶性有机物进行旺盛的生命活动。这些嗜温性微生物主要以糖类和淀粉类为基质。
经过中温堆肥阶段后进入第二阶段，也就是高温阶段。当堆温升45℃以上时即进入高温阶段，在这一阶段，嗜温微生物受到抑制甚至死亡，取而代之的是嗜热微生物。堆肥中残留的和新形成的可溶性有机物质继续被氧化分解，堆肥中复杂的有机物如半纤维素、纤维素和蛋白质也开始被强烈分解。
然后进入堆肥的第三个阶段：降温阶段。在发酵后期，只剩下部分较难分解的有机物和新形成的腐殖质。此时微生物的活性下降，发热量减少，温度下降，嗜温性微生物又占优势，对残余较难分解的有机物做进一步分解，腐殖质不断增多且稳定化，堆肥进入腐熟阶段，需氧量也大大减少，含水率降低，堆肥孔隙度增大，氧扩散能力增强，此时只需自然通风。
滚筒式发酵法。发酵滚筒为钢结构，并设有驱动装置，安装成与地面倾斜1.5～3°的角度，采用皮带输送机将畜禽粪便送入滚筒，滚筒定时旋转，一方面使物料在翻动中补充氧气，另一方面，因为滚筒是倾斜的，在滚筒转动过程中，物料由进料端缓慢向出料端移动。当物料移出滚筒时，物料已经腐熟。
回转式密闭有机固体废弃物好氧发酵反应器，包括入料机构、发酵装置、驱动机构、出料机构和除臭系统。由于发酵罐体内部没有相对运动的机械部件，所有相对运动的机械零部件都在设备外部，具有维修性能好和运行费用低。整个发酵过程是在密闭空间进行，无粉尘、低噪音，环保性能良好，有机物料发酵过程产生的臭气和湿气经引风系统抽入到除臭系统中处理后达标后排出。解决了传统有机废弃物堆肥发酵处理工艺的难题。可广泛用于养殖场畜禽粪便、餐厨垃圾、城市化粪池入粪垃圾、污水处理后的污泥无害化、资源化处理。处理后的有机物料变为有机肥料。